Martin Mystère est un jeune adolescent de 16 ans, employé en tant qu'agent spécial au « Centre », une organisation secrète spécialisée dans les phénomènes paranormaux dirigé par M.O.M. Souvent dragueur lors des missions qui lui sont attribuées, il enquête, en compagnie de sa demi-sœur Diana Lombard, de Java des Cavernes et avec l'aide, aussi, de sa montre-gadget Chrono-Scan, dans des endroits très étranges, mystérieux et effrayants où se trouvent des créatures inimaginables.
Épisode 1
Un monstre s'en prend aux enfants désobéissants.
Épisode 2
Des insectes préhistoriques sont ramenés à la vie par une météorite.
Épisode 3
Une sirène mi-femme, mi-oiseau, enchante les marins d'un port de Norvège.
Épisode 4
Une créature faite de pétrole téléportant ses victimes et les privant de leur énergie vitale.
Épisode 5
Un Léviathan saccage le port de Monaco.
Épisode 6
Une sorcière revient de son exil et change les élèves d'un pensionnat en sorcières à leur tour.
Épisode 7
Un loup-garou s'en prenant aux promoteurs immobiliers travaillant sur un territoire indien.
Épisode 8
Un portail spatio-temporel transporte les passagers d'un métro dans une dimension où règne un dragon.
Épisode 9
Une créature amenant le Chaos, solide, liquide et gazeuse.
Épisode 10
Le marchand de sable emmène ses victimes dans leurs pires cauchemars.
Épisode 11
M.O.M. envoie Martin et Diana en mission mais ils ont disparu. Un homme à la recherche d'un Noël éternel a cassé un globe neigeux magique et s'ils n'arrivent pas à réparer cela, Martin et Diana risquent de rester prisonniers...
Épisode 12
Un druide change les gens en arbres afin de renaître.
Épisode 13
Des extraterrestres enfouis sous les lignes Nazca au Pérou tente de redécoller.
Épisode 14
Un fantôme de directeur d'hôtel en chasse ses occupants.
Épisode 15
Un docteur hypnotise Java afin de trouver un trésor gardé par un esprit.
Épisode 16
Un monstre congelant les humains s'aventurant dans son territoire montagneux.
Épisode 17
Un monstre s'échappe du centre en prenant contrôle de l'humain s'approchant de lui.
Épisode 18
Un ancien dieu celtique prévoit d'envahir le monde à Halloween.
Épisode 19
Un dopplegänger efface le visage des femmes ressemblant à celle qui la fuie.
Épisode 20
Dans un flash-back, à New York, des monstres préhistoriques gluants (Java est le premier) apparaissent.
Épisode 21
Martin, Diana et Java enquêtent sur la disparition d'un étudiant à l'université de Paris. Ils découvrent que l'école s'est servie de l'étudiant comme cobaye et l'a transformé en mite humaine, dévorant quiconque entre en contact avec elle...
Épisode 22
Un lézard extraterrestre, Sauros, tente de quitter la Terre en terrorisant les habitants de la colonie voisine.
Épisode 23
Un homme transformé en rat s'en prend à ceux qui l'on involontairement créé.
Épisode 24
Martin et Diana rejoignent le père de Martin pour passer un week-end dans les bois. Ils découvrent un 'Synth', créature synthétique entre humain et extraterrestre, décidé à récupérer son territoire envahi par les bûcherons...
Épisode 25
Martin, Diana et Java partent enquêter sur les rives de l'Amazone, où des plantes et des animaux s'échouent. Suite à des travaux, un étrange nuage a fait son apparition. Il est formé de Vapeur, une bactérie très ancienne...
Épisode 26
Un sorcier chinois veut faire revivre l'empereur en donnant vie aux statues.